มีพัฒนาการทางสมองและความคิดที่ดีขึ้น

การทำสมาธิบำบัดในขณะที่เราทำอยู่ทั้งจิตใจและสมองก็จะปลอดโปร่ง ซึ่งเป็นเหมือนกับการทำให้สมองของเราได้รับการพักผ่อนที่ดีเช่นเดียวกับการนอนหลับ แต่ผลที่ได้จะมีประสิทธิภาพดีกว่าการนอนหลับปกติเพราะสมองจะมีการจัดเรียงระบบทางความคิดที่ดีขึ้นจากการที่เรากำหนดลมหายใจและสูดเข้าออกอย่างเป็นจังหวะ การสูดลมหายใจเข้าลึก ๆ จะทำให้มีจำนวนออกซิเจนเข้าไปหล่อเลี้ยงสมองได้อย่างเพียงพอ (การนอนหลับปกติการหายใจจะสั้นกว่าประกอบกับช่วงกลางคืนจำนวนออกซิเจนจะน้อยกว่ากลางวัน) แน่นอนว่าหลังจากนั่งสมาธิเสร็จเมื่อสมองเริ่มกลับมาทำงานใหม่อีกครั้งก็จะสามารถคิดวิเคราะห์และมีพัฒนาการที่ดีขึ้น

การควบคุมอารมณ์ดีขึ้น

ในด้านของจิตใจและการแสดงอารมณ์ของคนที่ทำสมาธิเป็นประจำ จะมีรูปแบบที่แสดงออกมาแตกต่างจากคนปกติ โดยการแสดงออกด้านอารมณ์และจิตใจแต่ละครั้งจะมีการคิดและวิเคราะห์เกิดขึ้นก่อนเสมอ ซึ่งเป็นผลมาจากการกำหนดลมหายใจเข้าออก ทำให้เกิดรูปแบบของการแสดงออกและระบบความคิดที่เป็นระบบระเบียบมากกว่าเดิม

มีพื้นฐานด้านสุขภาพร่างกายที่ดีขึ้น

อีกหนึ่งประโยชน์ที่ได้จากการทำสมาธิบำบัดและถือว่าเป็นจุดประสงค์หลักก็คือ สุขภาพร่างกายจะแข็งแรงขึ้นกว่าเดิม ซึ่งผลที่ได้รับจากการทำสมาธิบำบัดนั้นทำให้ร่างกายทุกส่วนได้รับการผ่อนคลาย ทั้งจากภายนอกและภายใน ประกอบกับจำนวนออกซิเจนที่สูดเข้าร่างกายมากขึ้นเพียงพอต่อการหล่อเลี้ยงระบบต่าง ๆ ของร่างกาย (การนั่งสมาธิร่างกายจะใช้พลังงานน้อยมากทำให้ออกซิเจนที่สูดเข้าไปเพียงพอต่อการนำไปใช้งานกับทุกส่วนของร่างกาย) สมองพักผ่อนเพียงพอ ระบบประสาททั่วร่างกายได้ผ่อนคลาย สิ่งเหล่านี้เป็นพื้นฐานที่ส่งผลให้เห็นได้อย่างชัดเจนหลังทำสมาธิ

ผ่อนคลายความเครียด

ความเครียด ถือว่าเป็นศัตรูตัวร้ายของมนุษย์เราเลยก็ว่าได้ เพราะความเครียดจะส่งผลทำให้ระบบฮอร์โมนของเราทำงานผิดปกติ นอกจากนั้นยังส่งผลทำให้ต่อมหมวกไตหลั่งฮอร์โมนคอร์ติซอล (Cortisol) มากกว่าปกติและส่งผลทำให้ร่างกายอ่อนเพลีย ปวดหลัง ปวดศีรษะและอื่น ๆ ตามมาอีกมากมาย นอกจากนั้นยังมีผลต่อสภาพจิตใจอีกหลายอย่างด้วย การทำสมาธิบำบัดจะช่วยในเรื่องของการผ่อนคลายความเครียดได้เป็นอย่างดี นอกจากนี้ในปัจจุบันยังมีการนำสมาธิบำบัดช่วยเหลือผู้ป่วยที่เป็นโรคร้ายแรงเพื่อรักษาสภาพทางจิตใจให้ดีขึ้นและส่งผลต่อการรักษาทางด้านกายภาพที่ดีขึ้นอีกด้วย ตัวอย่างเช่น ผู้ป่วยโรคมะเร็งที่มีความเครียดและสภาพทางด้านจิตใจที่ย่ำแย่ เป็นต้น